2024年5月17日,应中国科学院长春应用化学研究所药物化学生物学课题组王晓辉研究员邀请,上海科技大学大学单一兵研究员到所交流访问,并作了题为“Atomistic simulations of protein-small molecule and protein-protein binding in structural biology and drug discovery ”的精彩报告。药物化学生物学课题组组长王晓辉研究员为单一兵特聘研究员颁发证书。

随着计算技术的飞速发展,模拟蛋白质和小分子相互作用的物理过程,以及预测生物分子的结合结构变得越来越可行。通过结合现有的生物化学、生物物理和细胞数据,仔细审查模拟生成的结构模型,可以有效地排除虚假模型。单一兵教授以JAK2激酶全长结构和Ras-Raf信号复合体结构的建模为例主要介绍了其在分子动力学模拟机器Anton的开发以及“swimming”分子动力学方面的工作,探讨这些结构在癌症生物学和药物发现中的重要性。展示了“swimming”分子动力学模拟在蛋白质与小分子结合预测中的应用,证明其在药物发现环境中的正确性。

单一兵,上海科技大学获得工程物理学学士学位,德雷塞尔大学获得计算机科学硕士学位和物理学博士学位,D.E.Shaw Research的创始成员,在专门用于分子动力学模拟的安东超级计算机的概念化和设计中发挥了关键作用。曾两次获得美国计算机协会超级计算戈登·贝尔奖。发起了生物分子缔合的“游泳”模拟,并将其开发成一种工具,已成为许多最先进的药物发现平台的组成部分。他的团队还率先对蛋白质的大型功能组装体进行了基于模拟的结构阐明。在最近转向慈善事业和创业的过程中,单一兵创立了Antidote Health Foundation for Cure of癌症和AB Magnitude Ventures Group,专注于促进计算机辅助癌症药物发现。